1、遗传因素，由于染色体的数目或结构异常所致的胚胎发育不良，是流产比较常见的原因。而且，遗传因素是怀孕12周内自然流产的比较主要的元凶。
2、胚胎发育不全：孕卵异常是早期流产的主要原因，在妊娠头两个月的流产中，约有80%是由于精子和卵子有某种缺陷，以致使胚胎发育到一定程度而终止，因此，这种流产的排出物中，见不到原始的胚胎组织。
3、子宫变形：正常子宫是由肌肉构成的中空的袋子，形状象一个倒放着的梨子，可能有些生理不正常的子宫，会有不正常形状。变形不太甚者，还可能依正常情形生产，但往往会造成流产。
4、内分泌功能失调：受精卵在孕激素作用下，才能在子宫壁上着床，生长发育成胎儿。当体内孕激素分泌不足时，使子宫蜕膜发育不良，从而影响受精卵的发育，容易引起流产。如果前列腺素增多，会引起子宫肌肉的频繁收缩，也会导致流产。甲状腺功能降低，可使细胞氧化能力障碍，进而影响胚胎的生长发育而流产。
5、外伤：孕妇的腹部受到外力的撞击、挤压，以及孕妇跌倒或参加重体力劳动、剧烈体育运动；腹部手术如阑尾炎，或卵巢囊肿手术均可引起子宫收缩而发生流产。
6、情绪：怀孕不仅使孕妈妈增加了许多生理负担，而且由于身体的变化和人生责任的增加也给孕妈妈心理带来压力。特别表现在情绪方面，很多怀孕妈妈经常情绪大起大落。据统计，怀孕初期情绪比较不稳定。因为这一时期，不论是心理和生理的变化，还是生活习惯的调整等各种变化，孕妈妈的变换比较大。这一时期的早孕反应常常令身体不适，孕妈妈的情绪在几秒中之內，从极度兴奋跌落到异常沮丧，并不令人意外。不稳定的情绪可引起大脑皮层与皮下中枢调节失调；同时，植物神经系统的交感神经对孕妇有促进子宫收缩作用，在某些情绪刺激下能引起子宫收缩而导致流产。
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