1、急性腹泻没有彻底治疗而转为慢性：这类小儿营养比较差，常常因为没有母奶而改用牛奶喂。营养差，胃酸及消化酶的分泌量少，影响消化功能，使肠道下部的正常细菌离开原来的“岗位”而到肠道的上部，把吃进的食物分解、发酵、腐败；这些酸性腐败物质刺激肠道造成腹泻迁延。
对策：可在医生的指导下，采用食品疗法进行治疗，如稀释牛奶、焦米汤、酸牛奶、鱼蛋白粉、胡萝卜汤及苹果泥。
2、长期应用抗生素：有的孩子因为长期应用抗生素，把肠道内不致病的“正常”细菌统统杀灭。而“正常”细菌在肠道内可以“监视”、“抑制”肠道内病菌的生长，缺乏了后者的作用，病菌大量繁殖。
对策：对这类腹泻首先应停用抗生素，并服些扶植“正常”细菌繁殖的药。
3、对糖的不耐受：宝宝对糖不耐受腹泻最多见是双糖酶缺乏或活力减低所致。原发性双糖不耐受在出生后不久即有腹泻，原因是缺少双糖酶使大量糖不能吸收，在肠道内形成渗透压增高，使大量水分吸收到肠腔中，形成腹泻。继发性双糖不耐受更多见，是由于胃肠炎后肠粘膜受损，致使双糖酶缺乏。这种腹泻可持续数月。
对策：需从食物中去除不耐受的糖。对原发性不耐受糖的患儿，需长期限制糖，但随年龄增长对碳水化合物不耐受会有所改善，此时可适当添加一些牛奶、淀粉和糖。对继发性不耐受糖的患儿，限制糖仅是暂时的，经过数周或数月后，可以逐步恢复正常饮食。
4、对牛奶过敏：牛奶是一种异性蛋白，其中一种乳球蛋白会损害小肠黏膜，是主要的过敏原。如小婴儿对致敏的牛奶蛋白清除及处理功能较差，就会发生腹泻和腹痛。此时不停牛奶，腹泻就迁延不愈。
对策：应从宝宝的食物中去除牛奶。由于羊奶和马奶也有交义过敏反应，所以不能应用。如无人奶，可用豆奶、肉汤和酪蛋白水解物代替牛奶。婴儿的食品简单，可改用代乳粉喂养，同时加辅食品，如蛋黄泥、菜泥、胡萝卜汁等，以后逐渐增加固体食品即可。对牛奶过敏也会随着年龄增大过敏减少。在6个月后可给与少许牛奶以了解是否过敏，若无过敏可逐渐增加牛奶量，一般到了2岁后牛奶过敏已很少见。
5、菌群失调：当宝宝患了严重的感染性疾病或手术后抵抗力明显下降，若在此时应用大量广谱抗菌素或皮质激素治疗，使小儿免疫功能低下，对抗菌素敏感的肠道内正常细菌受到抑制，而不敏感的致病菌就会大量繁殖引起长久的腹泻。
对策：需停用所有的抗菌素及皮质激素，然后补充肠道正常菌种，以恢复肠道内微生态平衡，使正常菌种占据绝对优势。常用的有双歧杆菌、乳酸杆菌、粪链球菌等。
6、对麦类过敏：患儿对大麦、小麦和黑麦中麸质(麦粉中的蛋白质)的抗原部分过敏，引起局部肠道过敏反应。当脂肪进入小肠后不易被肠壁吸收，从粪便中排出，造成持久的脂肪泻。
对策：根本的治疗是停用所有含麦类的食品。初期应给与含果糖与葡萄糖的食物及脱脂牛奶。待病情好转逐渐增加蛋白质食品，如豆浆、瘦牛肉、鱼、鸡肉等。以后酌情增加淀粉及脂肪食品。如再次发生消化不良症状及腹泻，立即恢复初期食品。
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