卵巢妊娠病因是有障碍的排卵由于盆腔炎症引起卵巢周围炎和盆腔粘连，卵泡内压力降低，卵巢妊娠以及颗粒细胞及卵丘使卵子排出受到阻碍。
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腹腔镜检查证实为卵巢妊娠未破裂，可直接向卵巢孕囊内注射MTX保守治疗，若在术前已诊断卵巢妊娠而未破裂者，亦可在B超引导下向孕囊内注射MTX，亦可作MTX的全身治疗。
惟治疗期间用血β-HCG监测，如有破裂，内出血较多，仍需手术治疗。卵巢妊娠的治疗以手术为主。手术时应尽量保留卵巢组织，可根据病灶的大小范围行卵巢妊娠病灶切除术，卵巢楔形病灶切除术或部分卵巢切除术。如卵巢破坏严重，可行附件切除术。
一般不主张单纯卵巢切除而保留同侧输卵管这样可致孕卵外游走，发生输卵管妊娠的机会增多。对于术前诊断的尚未破裂的卵巢妊娠可在B超介导下胚囊内注射杀胚药物，如甲氨蝶呤、前列腺素、氟尿嘧啶等作保守治疗，但疗效不确切，治疗期间仍有发生破裂的可能此时仍需手术治疗。