慢性咽炎一般不需要使用抗生素治疗，滥用滥服抗生素有害而无益。因为滥用抗生素可能导致咽喉部正常菌群失调，引起二重感染。另外，每一种抗生素都有全身副作用。滥用抗生素可对人体造成危害。同时，滥用抗生素还能引起细菌耐药。
慢性咽炎的治疗主要针对病因，如戒烟戒酒，积极治疗急性咽炎及鼻腔、鼻窦、扁桃体的慢性炎症，改善工作和生活环境，避免粉尘及有害气体的刺激。加强锻炼，增强体质，预防感冒。
病人如有咽干、咽痛可选用一些含片，如华素片、草珊瑚含片、银黄含片、泰乐奇含片、西瓜霜含片等，以减轻或解除症状；也可选用各种中成药，如万应胶囊、清咽利喉颗粒、一清胶囊、十味龙胆花颗粒。如果患慢性肥厚性咽炎，咽干、咽部异物感明显时，可采用分次激光、冷冻或电灼治疗。
需要注意的是，慢性咽炎极易反复，症状常发生在疲劳、受凉、烟酒过度、进刺激性食物、气候突变及吸入寒冷空气后。