1.因为皮蛋是透过混合纯碱、石灰、盐和氧化铅，将鸭蛋包裹而腌制的，当中含有铅，所以如果经常食用，有机会引起铅中毒。这会导致失眠、不能集中注意力、贫血、关节痛、思维缓慢、脑功能受影响等症状。此外，铅更会取代钙质，影响钙的摄取，可能造成缺钙。
2.皮蛋含铅过多，传统的皮蛋为促使蛋白质凝固，在腌制过程中要加些氧化铅或铜等重金属，若长期食用，其中的铅或铜会慢性积累而不利健康。如果孕妇在怀孕期间吃皮蛋的话会影响更大。
3.皮蛋的含的铅如果穿透脑，还会直接抑制生长激素分泌，引起孩子矮身材、性早熟、肥胖等。为了宝宝的健康，最好在怀孕期间不要吃皮蛋。
4.皮蛋，腌制过后，各种营养素也有一定变化。蛋白质含量，鲜鸡蛋每百克为8.7克，而松花皮蛋则为13.1克，增加了4.4克；在肮脏含量上，鲜鸭蛋每百克含9.8克，而松花皮蛋则为10.7克，上升0.9克；碳水化合物的含量下降较大，由鲜鸭蛋每百克的10.3克降低为2.2克，下降8.1克；在维生素含量上，维生素A由鲜鸭蛋的1380国际单位，降低为940国际单位，下降440国际单位。所以在营养上也有所下降。