不同病人症状不尽相同，主要症状有咽干、咽部不适感、异物感、痒感、灼热感，还可有咽部微痛。吞咽疼痛，急性发作期间咽痛可能较为剧烈。由于咽后壁常有较黏稠分泌物刺激，部分病人出现晨起刺激性咳嗽，早上起床及刷牙时特别明显，伴恶心。
一般急性咽炎潜伏期1～3天不等，随病毒而异肠道病毒最短，腺病毒和呼吸道合胞病毒较长。起病突然。大多先有鼻和喉部灼热感随后出现鼻塞打喷嚏、流涕、全身不适和肌肉酸痛。症状在48h达高峰（病毒脱壳)，急性鼻咽炎通常不发热或仅有低热，尤其是鼻病毒或冠状病毒感染时可有眼结膜充血流泪畏光眼睑肿胀、咽喉黏膜水肿。
细菌性咽炎的并发症有化脓性咽炎、鼻窦炎、中耳炎支气管炎原有慢性呼吸道疾患（慢性支气管炎哮喘)急性加重和阻塞性睡眠呼吸紊乱恶化，在儿童偶有病毒性或细菌性肺炎等严重并发症。