新生儿惊厥存活者出现后遗症的占14%～61%(平均20%)。主要表现为脑性瘫痪、智力障碍、癫痫，其他还有共济失调、多动、视听障碍、语言障碍、轻微脑功能障碍综合征等。
1、脑性瘫痪
脑性瘫痪是多种原因引起的非进行性中枢神经运动功能障碍为主的综合征。与脑性瘫痪发生有关的因素：①生后5分钟Apagaf评分越低者脑性瘫痪的发生率越高，在生后5分钟以后仍需复苏的新生儿惊厥的患儿中，仅这一项便能预示可能发生中度或重度的脑性瘫痪。②新生儿惊厥发作的持续时间越长，后来发生脑性瘫痪的可能性越大。发作1天者其发生率为7%，3天以上者有46%发生脑性瘫痪。③新生儿惊厥发作的类型，强直型发作与后遗脑性瘫痪的关系更密切。④中度或严重异常的脑电图者发生脑性瘫痪的危险性大。
2、智力障碍
新生儿惊厥后遗留智力障碍与下列因素有关：①出生5分钟Apgar评分0～3分者，45%有智力障碍;4～6分者，33%有智力障碍;7～10分者，只有11%有智力障碍。②出生5分钟以后仍需要复苏的患儿发生智力障碍的危险性较大。③惊厥发作时间超过30分钟、新生儿期肌强直和肌阵挛发作及惊厥发作的持续时间与智力障碍关系均很密切。
3、癫痫
惊厥发作持续1天者后遗癫痫的发生率为11%，惊厥发作持续2天者为22%，3天者为25%，3天以上者为40%。强直型惊厥发作与后遗癫痫有密切关系。