(1)衣原体：分沙眼衣原体、肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体和家禽衣原体4种。与非淋菌性尿道炎有关的是沙眼衣原体亚种D-K型，值得一提的是Ba、La型也可引起泌尿生殖道感染。
衣原体是一类能通过细菌滤器、严格细胞内寄生并有独特发育周期的原核细胞微生物，过去曾认为是病毒，现归属于细菌范畴。衣原体发育中可以见到两种不同的颗粒结构：一种小而致密，称原体，具有较致密而坚韧的细胞壁，可存活于细胞外，具有高度的传染性，用吉姆萨染色呈红色。另一种大而疏，称为网状体，旧称始体。原体在细胞外生存，当其附着在易感细胞表面时，被细胞吞噬，在细胞内增大变成繁殖型即始体，具有新陈代谢活性。始体按二分裂方式繁殖，最后始体重新组成原体，从细胞内释放出来，再感染其他易感细胞，整个生长周期为48~72小时。
衣原体对热敏感，在56—60C仅能存活5~10分钟，而在一70摄氏度可保存数年；O.1%甲醛、0.5%石炭酸可迅速杀灭衣原体，75%酒精半分钟即有效。在家具表面的衣原体可存活12小时，但在手部皮肤上只能存活10-15分钟。
(2)支原体：是一种没有细胞壁的原核细胞微生物，无细胞壁，故可塑性大而在形态上呈多形性，可通过滤菌器，是目前所知在无生命培养基中繁殖的最小微生物。
支原体科分支原体与脲原体两属，支原体属已知64种，而脲原体属仅2种，对人体致病的主要有肺炎支原体、人型支原体、解脲脲原体、生殖道支原体，引起性传播疾病的是后3种。支原体因无细胞壁，故对理化因素的影响比细菌敏感，容易被清洁剂和消毒剂灭活。
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