虽然预防针都有一些不良反应，但这些不良反应与严重危及小儿的传染病相比，显得次要了许多。
小儿通常在下述情况下不能预防接种：1、小儿患免疫缺陷疾病或进行免疫抑制剂（如肾上腺皮质激素、放射疗法、抗代谢化学疗法）治疗时；2、接种百白破制剂后出来严重的接种后反应，如虚脱、休克、体温超过40.5℃、抽搐或其他神经系统症状后，下一次则停用“百白破”，而只注射白喉，及破伤风类毒素（即把百日咳菌苗抽去）；3、严重疾病伴发势时应延缓接种；4、最近注射过多多价的免疫球蛋白者（如丙种球蛋白），在6周内不应接种麻疹疫苗。
有人建议，有过敏史的，在急性发病期间宜缓进行预防接种。对抗生素过敏的，在预防接种时要肯定疫苗中不含此过敏的抗生素。有惊厥史及脑发育不良者，不宜接种百日咳菌苗。
预防接种后引起过敏性哮喘、晕厥、休克等严重反应的很少见，一般只出现局部和全身的反应。
1、局部反应一般在接种后24小时左右出现。主要表现为在接种部位出现红、肿、热、痛的现象。按红晕或浸润大小分为弱反应（直径为2.5厘米以下），中反应（直径2.6-5厘米）和强反应（直径5厘米以上者或直径5厘米以下但伴有淋巴结炎者）。比如，百白破三联针接种后，大约有5％-10％的小儿在注射局部有明显的红肿、硬块或疼痛。
2、全身反应主要表现为体现升高，同时可出现头痛、寒颤、恶心、呕吐、腹泻、乏力和周身不适等现象。比如，百白破三联针注射后，有2％-6％的小儿发热，体温达39℃或更高；接种麻疹疫苗后，也有5％-15％的小儿在接种第6天开始持续5天高热（39.4℃以上），约有3％的小儿发生一过性皮疹，应与其他出疹性疾病相鉴别。
预防接种后引起的反应，绝大多数是很轻微的，甚至有些小儿根本没有什么异常感觉和表现，一般不需要作特殊处理。如果有一些反应，经过降温、多饮水、适当休息1-2天，反应就会消失。反应强烈或出现异常地，应及时送医院处理。