防御功能
免疫系统是由免疫器官、免疫细胞和免疫活性物质组成的，正常情况下，免疫细胞所做的防御工作，我们是很难察觉的，因为此时免疫细胞在体内处于绝对优势。但是当人体岀现体温升高、全身酸痛、流鼻涕的状况时，就说明体内的免疫细胞遇到了强大的敌人，因此会调动全身各种力量和防御机制，如果免疫部队战败，病毒、细菌就会乘虚而入，使人体出现严重的感染，甚至危及生命。我们平时看到感染部位化脓的脓液，就是免疫细胞与病毒、细菌战斗过程中两败倶伤的结果。
免疫监视功能
一旦某种病毒进入我们的身体一次，B细胞就会终生记住它，等它下次再来的时候，马上会产生抗体，把它杀死。比如得过水痘的人对于水痘就有了免疫，不会再得，这也是打疫苗能预防疾病的重要原理。可为什么人体会经常感冒?因为感冒病毒有无数类型，每次感冒时的病毒都是不一样的。还有一些病毒，比如流感病毒，它在传染的过程中基因不断变异，等几年后人们再接触到的时候，它已经变得面目全非，我们的身体已经不认识它了，所以我们又会得第二次、第三次流行性感冒。
自身稳定功能
免疫细胞要保护自身细胞的稳定。人体每天有万亿个细胞分裂和增殖，在分裂和增殖过程中总会有少量的细胞，比如癌细胞发生叛变，免疫系统负责清除这些癌变细胞。癌变细胞会无休止地复制繁殖，并扩散到全身。如果机体没有能力及时辨认出癌变细胞，就会造成肿瘤的生长和转移。
免疫系统还担负身体新陈代谢的重要功能，可以清除身体代谢过程中产生的不健全细胞或老化的细胞。因此，有时候免疫系统的自身识别系统可能发生混乱，会不受控制地攻击身体各个系统，导致一些免疫病，比如类风湿关节炎和系统性红斑狼疮。
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