奶酪中的蛋白质含量一般在3%～40%之间，每100g软奶酪可提供一个成年人日蛋白质需求量的35%～40%，而每100g硬奶酪可提供50%～60%。由于奶酪制作中需去除乳清（含有较高生理效价的乳清蛋白)，因此，奶酪的生物学价值要低于全乳蛋白质，但比纯酪蛋白高。在一些新工艺如超滤技术生产奶酪，可以不排出乳清，这样提高了奶酪的蛋白营养价值。另外奶酪生产中不发生美拉得德反应，因此，奶酪的必需氨基酸可保持到原乳含量的91%～97%。
制作奶酪需经过微生物的发酵作用，在凝乳酶及微生物中蛋白酶的分解作用下，蛋白质形成氨基酸、肽、际、胨等小分子物质，因此很容易消化，其蛋白质消化率达96%～98%。另有人报道在奶酪的成熟期，牛乳中的酪蛋白逐渐降解成肽和氨基酸。一些氨基酸在细菌脱羧酶的催化下，可进一步发生降解反应。γ-氨基丁酸是就由谷氨酸脱羧而来，因此很多奶酪中都含有γ- GABA。
而γ-GABA是一种具有降血压、抗惊厥、镇痛、改善脑机能、精神安定、促进长期记忆、肾功能活化、肝功能活化等作用的功能因子。脂肪不仅赋予奶酪良好的风味和细腻的口感，还可提供人体所需的一部分能量，在体内的消化率为88%～94%。另外与脂肪含量有关的胆固醇含量在奶酪中也较低，通常为0～100mg/100kg。奶酪生产中，大多数乳糖随着乳清排出，余下的也都通过发酵作用尘成了乳酸，因此奶酪是乳糖不耐症和糖尿病患者可选营养食品之一。
乳酪的营养价值虽然很高，但是最好不要过多的食用，特别是在晚上的时候不能过多的食用，以免导致孩子肥胖，很多的乳酪都是不干净卫生的，因此我们在选择乳酪的时候一定要选择哪一些正规厂家生产的，不能选择小作坊生产的。
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