鉴于胎儿一半基因来自父体，从免疫遗传学角度看，妊娠既是一种同种异体移植，又是自体移植，或叫做同种半异体移植。成功妊娠有赖于母体与胎儿间复杂的免疫调节。人类白细胞抗原是免疫调节过程中的重要抗原。由于免疫性因素病因组成复杂，在决定应用免疫手段治疗前，必须首先对习惯性流产进行免疫病因分类，以便选择更切合临床实际效果的免疫治疗方案。
(1)母-胎同种免疫识别低下型：这种类型主要表现为封闭抗体和／或抗独特型抗体缺乏，是习惯性流产的主要病因。对此类患者宜采用白细胞免疫疗法及静脉免疫球蛋白被动免疫疗法，旨在促使建立封闭抗体的独特型——抗独特型网络。由于免疫抑制剂将抑制封闭抗体产生，因而不利于对胚胎的免疫保护作用，故不适于这种类型的治疗。配偶白细胞皮内免疫疗法具体方法是抽取配偶新鲜外周血50毫升，分离单核白细胞，约(2～3)×10 7个细胞，对女方进行多点皮内注射，每间隔4周免疫1次，3次为1个免疫疗程。末次免疫后1周复查封闭抗体，如仍未升高者，加强免疫1次，直至产生较高封闭抗体水平。在发现患者封闭抗体升高后，安排受孕。并于妊娠35天加强免疫1次，此后每间隔4周加强免疫1次，直至孕20周。妊娠20周后一般不需要再加强免疫。
(2)母-胎免疫识别过渡型：表现为透明带抗体、磷脂抗体、母胎ABO血型不合等异常。治疗以免疫抑制剂为主，以降低母体对胎儿、胎盘的损伤作用。此类型禁用白细胞免疫等免疫增强疗法。否则会导致母体对胚胎抗原的过度识别，加速对胚胎的排斥反应。国外对磷脂抗体导致的妊娠失败主要采用阿司匹林或肝素治疗，并获得一定临床疗效。中医临床对透明带抗体阳性的患者采用滋补肾阴、清泻虚火的治疗方法。治疗采用中成药知柏地黄丸，每次6克，每日3次，口服。对磷脂抗体或ABO血型抗体阳性的患者，治则采用清热利湿，养血活血，标本兼治。用法：于孕前服用，每日1剂，直到孕晚期。对于磷脂抗体阳性患者要加用小剂量阿司匹林50毫克，每晚1次。在中西医结合治疗过程中，分析异常增高的抗体变化规律，透明带抗体阳性患者经知柏地黄丸治疗后，其抗体水平呈现下降趋势，受孕后亦维持在低水平。对于磷脂抗体及血型抗体阳性的习惯性流产患者，采用清热利湿、养血活血治疗后，各自的抗体水平明显下降。但受孕后再次反跳性升高，此时要适当增加中西药药物剂量，以使其相应的抗体再次转为阴性。
(3)母-胎免疫识别紊乱型：一小部分习惯性流产患者一方面表现为封闭抗体缺乏，另一方面亦表现出免疫损伤作用异常增高。这一类型在临床上十分棘手，治疗方案还有待探索。研究表明，白细胞免疫疗法不但不增加磷脂抗体产生，相反映可使部分磷脂抗体阳性的习惯性流产患者转为阴性，并获得妊娠预后。从这个意义上说，白细胞免疫疗法仍然适用于这种类型习惯性流产患者，若加用小剂量阿司匹林，可能获得更好临床疗效。推荐的中医疗法则为清热利湿，益肾活血。对此型习惯性流产患者，坚持以上中医疗法则可获得较好的临床疗效。
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