意外怀孕对胎儿的危害之一：育龄妇女叶酸不足
以胎儿神经管畸形为例，其发生率在人类各种出生缺陷中名列前茅，而非计划怀孕则是导致这种后果的首要原因。
叶酸缺乏会导致胎儿神经管畸形，包括无脑畸形儿、脑积水和脊柱裂新生儿，这些情况都属于严重的出生缺陷。这些孩子生下来往往面临当即死亡或终生残疾。
孕前三个月开始补充叶酸才是预防胎儿患先天神经管畸形的医学黄金期。而非计划怀孕的女性在得知怀孕后，往往已错过了补充叶酸预防畸形的最佳时期。
意外怀孕对胎儿的危害之二：胚胎发育不正常
从临床来看，计划怀孕产下来的宝宝往往质量更好，他们不容易流产或在胎儿期经历母亲孕期并发症、不容易遇到发育迟缓等事故。而非计划怀孕的胎儿由于先天准备不充分总是命运多舛——很多精子、卵子由于是在不健康的情况下结合的，很可能导致胚胎发育不正常，严重者甚至引起死胎、流产等。
大量饮酒会引起酒精儿、乙肝妈妈可能产下乙肝携带者等，总的来说，非计划怀孕的胚胎致畸率很高。曾经一位30多岁患糖尿病的孕妇，其在没有丝毫防备下怀孕，而当时她的血糖并没有得到很好的控制，最终在产检中发现其体内胚胎发育不正常，胎儿已出现心脏畸形，只能引产处理。
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