发病原因不同急性肠胃炎和秋季腹泻都是细菌感染引起，但引起二者的细菌种类不一样，秋季腹泻一般是感染了轮状病毒引起的，而急性肠胃炎则一般是感染了嗜盐菌引起。急性肠胃炎一般是由于患者吃了不干净的食物，而秋季腹泻则一般是由于患者的肠道感染了细菌。
发病人群不同一般情况下秋季腹泻在新生儿身上比较常见，因为新生儿需要喝奶，体内的乳糖酶含量比较高，所以很容易感染轮状病毒，等到宝宝长大了，感染轮状病毒的几率会小很多。而急性肠胃炎则不一样，任何年龄的人都有可能出现急性肠胃炎，一般成年人身上出现急性肠胃炎的几率会比较大。
发病时间不同
急性肠胃炎任何时期都会出现，没有什么规律，而秋季腹泻则一般是出现在秋季，所以也被人们称为秋季腹泻，当然其他时候也有可能感染轮状病毒，只是秋季更容易出现感染，因此家长们在照顾宝宝的时候要格外小心，尤其是在秋季，否则宝宝感染了轮状病毒会非常麻烦，对宝宝的伤害也很大。
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