《内经》学说中以内因为主的学术思想与发病学说内因为主导的观点是相一致的，所以认为预防疾病和延缓衰老过程的关键，则在于人身的正气。如(灵枢·百病始生》篇说;“风雨寒热，不得虚，邪不能独伤人。卒然逢疾风暴雨而不病者，盖无虚，故邪不能独伤人，此必因虚邪之风，与其身形，两虚相得，乃客其形，两实相逢，众人肉坚。”其中“两虚”，即指虚邪贼风和人体正气之虚。“两实”，即正常气候和个体正气充实。这种“两虚相得，乃客其形”和“邪之所凑，其气必虚”的发病学观点，也同样反映出学说中预防疾病发生的以内因正气为主的学术思想。
正气，在一定意义上说，也就是“真气”，所以真气的盛衰存亡既关系到疾病的发生，也关系到人体衰老的进程以及生命的存在与死亡，这也就是《内经》专篇所以名为“上古天真”的题意所在，并且还特别提出，只有“真气从之”，才能“病安从来”。真气，其实质是一个以肾气为主的综合性概念名称。所以肾气的自然盛衰，既决定了人体生长衰老的过程也是机体卫气的先天源泉，如《素问·上古天真论》说:“女子七岁，肾气盛，齿更发长;··一丈夫八岁，肾气实，发长齿更……”就指出了人体生、长、壮、老、已的生命过程决定于机体本身肾气的自然盛衰过程。因此，《内经》学说认为理论最根本的原则，就在于保持人体内在肾气的充盛不衰及延缓肾气的自然衰减期限。如果妄泄肾气，就是易生疾病和未老先衰，甚至夭亡的根本原因，这就是《内经》理论体系病因学说之所以将房劳列为内伤病的重要致病因素的依据。
由于充实肾气是的根本理论原则，因而《内经》学说所提出的“和于术数”、“恬淡虚无”、“起居有常”等的方法和要求;无一不是强调人体的内因—肾气在防病、延年益寿中的主导作用。虽然《内经》也提出了须外避虚邪贼风的侵袭，但由于“邪之所凑，其气必虚”，所以致病的主导还决定于正气，而且“避虚邪以安其正”(《素问·六元正纪大论》)，也是为了维护正气，以免引起机体阴阳失调而发病。可见以内因正气为主导，是萄内经》学说理论的一个重要学术思想。重视保养正气在中的主导作用，“正气存内，邪不可干”，各种方法都应以保护和强壮正气为基本原则，坚持了这个原则，就能达到“僻邪不至，长生久视”的目的。
《内经》学理论以内因(正气)为主的学术思想，对我国古代学的发展和理论体系的形成，都有重要意义。