一般来说，音乐在自闭症治疗的应用方面，有主动和被动两种方式。就被动的形式而言，音乐可以经由演奏和歌唱呈现出来，也可以经由录音反复播放。反复的听音乐对有些自闭症的患者来讲，听习惯了之后，就成为生活必备的一部分，当然这和自闭症固定行为的特征有关。我们可以利用这样的特征，到该听音乐的时候不放音乐，患者就会要求听音乐，我们就利用这个“动机”来要求他学习，学习之后就立刻放音乐作为增强物。有些自闭症患者情绪不稳定的时候，可以用他喜欢的音乐使他的情绪逐渐稳定下来。我们也可以让他听喜欢的音乐帮忙他情绪稳定之后，接着进行教学，而他做出适当的学习之后，音乐再出现，那这样就可以增强所学习的内容。
主动的音乐治疗，主要是透过音乐的创作或配合音乐的肢体动作来表达情绪感受。这里举个例子，曾经有一位非常聪明的五岁自闭症孩子，他的语言能力并不是很好，可是他对音乐方面有特殊的天分，他常在参加某一个活动回家之后，弹一段钢琴表达他对这个经验的情绪感受。我们常看到孩子一听到音乐就手舞足蹈，陶醉在肢体的表达艺术之中。我们偶尔也会对音调特别有兴趣的孩子配合做语言的教学，譬如有的孩子用一般的语调去教他说话，他不肯模仿学习，可是如果用他喜欢的音调来说，他就肯模仿学习说话。经由主动的音乐治疗活动，患者对自己肢体活动和各方面能力的控制的增强，他会陶醉其中而得到成就感。
综合而言，对部分自闭症患者来说，音乐可以稳定情绪，音乐可以做为教导自闭症儿童的很有效的增强物，音乐也可以做为配对学习、语言学习、认知学习很重要的媒介，当然，音乐也可以是很重要的创作表达，而达到增进自我控制的能力。总之，对部分自闭症患者而言，音乐是他的日常生活和治疗很重要的一部分。
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