抗菌药物治疗
患儿确诊新生儿脑膜炎后，如果病原菌明确，可以根据病原菌选择对症的抗菌药物进行治疗；如果病原菌不明确，可先用广谱抗菌药物来控制病情，然后尽快进行药敏试验找出患儿致病菌。在应用抗菌药物时，要尽量选择容易进入脑脊液的抗菌药物，同时首剂的剂量加倍，从静脉给药，这样才能让药物尽快起效，从而快速减轻患儿病情。
降低颅内高压的药物
颅内高压是大部分新生儿脑膜炎患儿会出现的症状，在患儿的颅内压明显上升时，可以让甘露醇和呋塞米交替使用，但这两个药物如果过多使用可能让脑脊液变黏稠，增加炎症后血管粘连的风险，因此不主张多次使用这些药物。
肾上腺皮质激素
新生儿脑膜炎主要是应用抗菌药物治疗，但抗菌药物大量使用后细会出现菌大量溶解的现象，可能刺激机体产生更多的炎性介质，而肾上腺皮质激素加入治疗能够有效抑制炎性介质的产生，从而减轻炎症，减少细菌性脑膜炎的后遗症和病死率。
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