治疗便秘应针对病因治疗。这种治疗也叫基础治疗，虽然缓慢但确实有效，一般经过2～4周时间，就会打破便秘的恶性循环。有些家长见孩子便秘就用泻药，结果非常容易复发，还会逐步加重。
基础治疗的主要内容为：①排便习惯训练;②合理饮食;③足量饮水;④增加活动量;⑤心理行为治疗。
一、排便习惯训练(DHP)：
因为排便反射的建立是排便“技能”的系统学习过程，婴儿期为反射性排便，如能早期进行DHP，可较快进入意识性排便。
训练模式及内容：便器准备：外观引人、颜色鲜艳的器具，放置在小儿易于使用的位置，鼓励小儿每天在便器上坐一会儿;便器应有适宜高度，使双膝水平高于臀部，双足应着地以便用力，并学会排便用力;时间安排一般在餐后30～60分钟，每次5～10分钟较适宜，避免排便时久蹲、久坐及强努而导致肛门肌疲劳。经过1周左右训练，小儿均能按要求定时排便，减少直肠粪便潴留。开始适宜年龄为18个月左右，过早和过晚均影响DHP效果。
二、合理饮食：
便秘患儿的合理饮食应侧重于膳食纤维(DF)的摄入。DF富含于谷类、薯类、蔬菜及水果等植物性食品中，谷类加工越精细，其所含DF越少。DF指不能被人类胃肠道消化酶所消化的，且不被人体吸收利用的多糖，主要来自植物细胞壁的复合碳水化合物，亦称非淀粉多糖。
儿童DF需要量：美国建议儿童DF安全摄入量为：年龄+ 5～10g，虽然需要额外增加维生素与矿物质摄入，但以上DF摄入量足以维持正常排便和预防慢性疾病。
三、足量饮水：
水的来源主要为摄入的液体、固体食物中的水分、食物氧化及组织细胞代谢产生的水分。儿童足量饮水因年龄及体重而异。对于小儿便秘患者强调“足量饮水”，除正常饮食外，应参考饮水量约为<1岁>13岁，300～500ml/天，并随季节、气温及运动量适度调节，需观察患儿粪便以经常排解正常软便为宜。
四、增加活动量：
治疗小儿便秘亦应针对每例个体，通过病史了解其活动量，予以具体指导。鼓励患儿养成参加各种体力活动、培养劳动习惯，可以走路的场合尽量不坐车、上下楼自己爬楼梯，每日应有2小时以上的体育锻炼(慢跑、跳舞、游泳、跳绳)。
五、心理、行为治疗：
对有排便疼痛经历、恐惧排便的患儿。应先予以灌肠和软化剂解除粪便嵌塞，并进行心理疏导、抚慰以消除恐惧心理，再进行正规DHP ;对因突然惊吓和偶尔排便过失受到过度责难，造成心理创伤导致排便异常的患儿。应创造体贴照顾的良好环境，取得患儿信任配合，消除心理创伤;便秘患儿在DHP过程可能遭遇失败，家长应予以理解并给予心理支持，此为小儿便秘基础治疗的重要环节之一。
以上环节缺一不可。不重视“基础治疗”而首先盲目采取药物治疗或其它治疗，在医学上叫“不全处方”，弊病很多。而在“基础治疗”的前提下，多数便秘患儿均可于短期取得满意疗效。
对于某些便秘严重的患儿，应在基础治疗的同时，给予药物治疗，如膨松剂(植物纤维、米糠制剂、渗透剂)的使用，可从肠道吸收水分软化粪便;个别病例有肠道传输功能减慢或功能性出口梗阻的患儿，待确诊后给予特殊药物治疗，一般治疗大多数两周内痊愈。
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