一、畸形果
有三个类型。一是变形果。这种畸形果的结构没有很大的变化，但形状不圆正，有的为椭圆形果，即由于心皮增加，其横切面是椭圆形;有的成为尖嘴果，即桃形果，果实的心皮数是正常的，但果脐部特别突起如桃子形状。二是瘤状果。果实近萼片一端有瘤状凸起，形如鼻，所以叫做鼻状瘤。三是脐裂果。在果脐部分的果皮裂开，以致胎座组织以及种子有时向外翻卷、裸露。这种脐裂果往往是由于畸形花的花柱开裂造成的。畸形果的造成是在花芽分化时就开始的。花芽分化时低温，水肥、光照不足，营养不良时，花芽分化不良，易形成少心室的尖顶果等畸形果。花芽分化期如果水肥过多、光照充足、茎叶旺盛，而温度较低时，花芽分化营养过剩，花芽细胞分裂过旺，则易形成多心皮的椭圆形果或瘤状果。此外，生长刺激素施用浓度过高，易形成尖顶果;土壤过干或过湿影响花芽发育，也易形成畸形果。
防止畸形果的产生必须从育苗期开始。苗期注意温、光、水、肥等环境条件的控制，创造有利于花芽分化的条件，使用生长刺激素适当，即可避免或减少畸形果的发生。
二、粒形果
果实坐住后发育极慢，成熟后形小如樱粒，此称粒形果或僵果。在西红柿越冬栽培和早熟栽培中发生粒形果现象较多。其发生原因是开花期授粉不良、夜温低、光照不足、营养物积累太少，经过生长刺激素处理后，抑制了果柄处离层的产生，果实坐住后，光合产物供应太少而不能膨大造成的。防止粒形果产生的措施是喷施天然芸薹素—硕丰481的万分之一液，开花期改善温度、光照等环境条件，增强光合作用，改善果实的营养供应等。
三、污斑、褐心
污斑果皮组织中出现黄色或绿色的斑块。污斑果实的出现与种子的生长密度有关，心室中种子数目少，激素的活性降低，果汁中可溶性固形物含量较低，则易出现污斑。防止污斑产生的措施是加强肥水管理，喷施天然芸薹素—硕丰481的万分之一液。褐心：果实的维管束褐变，或果实的内部变为灰褐色。褐心一般是病毒引起的，也有生理性褐心现象。在光照弱、空气潮湿及缺少钾肥的条件下易发生。防止褐心的措施是：注意防治病毒，改善光照条件，适当通风排湿及增施钾肥。生长期可根外喷施高能红钾的0.2%液3-4次。
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