肠套叠病因分为原发性和继发性两种
1、原发性肠套叠90%的肠套叠属于原发性，套入肠段及周围组织无显著器质性病变。肠套叠可有一个起始点，随着肠蠕动，其近端的肠管套入远端的肠腔中。几乎每个病人术中均可发现位于套入肠段头部的肠壁淋巴结肿大。肠套叠一般好发于上呼吸道感染或胃肠炎后，50%以上与腺病毒和轮状病毒感染有关，这也解释了Peyer集合淋巴结肿大的原因，而肿大的Peyer集合淋巴结凸入肠腔可能正是激发肠套叠的诱因。
2、继发性肠套叠肠套叠起始点有明确病理异常的占2%～12%，包括：美克尔憩室、阑尾、息肉、肿瘤、过敏性紫癜导致的黏膜下出血、非霍奇金淋巴瘤、异物、异位胰腺或胃黏液、肠重复畸形等，其中美克尔憩室最为常见。患儿发病年龄越大，存在继发性肠套叠的可能越大。
囊性纤维化病人易发生肠套叠，且可能反复发作，故需多次复位。其可能原因为肠道分泌液浓缩以及粪石形成，多见于9～12岁儿童。
如何区分肠胀气与肠套叠?
肠胀气远不及肠套叠那么严重，是因为肠道功能紊乱所致，有时伴腹痛。一般通过吃易消化的食物、热敷按摩以及服用助消化药就能有效缓解。但不可乱用抗生素(消炎药)，以免菌群失调进一步导致肠功能紊乱。肠套叠多见于4-6个月的婴儿，以阵发性哭闹、腹部摸到包块、血便为显著特点，有些人还可能出现呕吐。
所谓阵发性，基本是几分钟或十几分钟发作一次，非常频繁;包块多半在右下腹部，即回肠与盲肠交界处;而血便往往在肠套叠发生后几小时出现，性状比较像果酱。由于肠套叠会引起肠黏膜出血及肠管血液循环障碍，套得越深，时间越长，危险越大。如果尽快就诊，90%不需要做手术，用低压空气灌肠便可复位。但超过一定时间还未就医，一般都需手术复位，若发生肠坏死的治疗困难。
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