胎儿发育环境的因素
子宫内病毒感染是引起先天性心脏病最重要的一个原因，其中又以风疹病毒感染最为突出。母亲如果在妊娠前三个月内患风疹，则所产婴儿的先天性心脏病患病率较高。其他如羊膜的病变、胎儿受压、妊娠早期先兆流产、糖尿病、苯酮尿、放射线和细胞毒性药物在妊娠早期的应用等，也会致使胎儿发生先天性心脏病。母亲在怀孕期间吃了某些药物，还会导致胎儿心脏畸形。
早产
早产也有可能导致先天性心脏病，这是因为早产儿的心室间隔在出生前还没有完成发育，容易出现室缺的病症。而出生时体重在2500g以下的新生儿血管收缩反应不强，更易患先天性心脏病。
高原环境
我国青海高原本病患病率远较平原地区高，就是因为高原氧分压低。高原地区先天性心脏病、动脉导管未闭和先天性心脏病房缺较多。
遗传因素
遗传因素是最常见的先天性心脏病原因。如果家族中有人患有先天性心脏病的，就可以考虑是遗传因素所致。遗传学的研究认为，多数的先天性心脏病是多个基因与环境因素相互作用所形成。
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