体内水分缺失导致囟门凹陷
颅内的脑脊液和身体的血液、组织液不断交换，保持平衡。当身体丢失较多水分时，脑室的脑脊液也会减少，压力降低，囟门便会明显凹陷。如婴儿因呕吐、腹泻后出现这种症状，说明身体已中等程度的脱水，要及时补充水分，否则，因婴儿自然调节能力差，耐受力不足，可能发生循环衰竭，有生命危险。
喂养不当导致囟门凹陷
由于喂养不当造成重度营养不良的极度消瘦婴儿也会出现囟门凹陷，此时需加强营养，合理喂养宝宝，妈妈如无特殊原因，最好母乳喂养宝宝。
胚胎时母体感染或其他疾病
极少数婴儿因为胚胎时母体感染或因其他疾病大脑发育不良，头颅较小。出生时头围小，出生后5-6个月囟门即提前闭合，造成小头畸形;头小而尖，前额狭窄，鼻梁塌陷，下颌小而后缩，同时伴有智力落后。甲状腺机能低下所致的呆小症患儿，囟门也会迟迟不闭;同时有眉毛少而淡，鼻梁塌陷，两眼距离宽，智力迟钝等，可用甲状腺素治疗。
囟门凹陷的危害
宝宝囟门凹陷可能引发宝宝严重腹泻、严重喂食障碍，且辅有眼窝凹陷、皮肤干、身体水份低、泪液、口水、排尿皆少，且严重脱水。
严重的脑部会有些微的萎缩或是先天性的异常，及其它障碍。
如何预防囟门凹陷
1、不要给宝宝使用材质太硬的枕头，如绿豆枕、砂枕，否则很容易引起宝宝头部及囟门变形。此外，想要宝宝的头型完美，就要经常为他翻翻身，改变一下睡姿。宝宝喜欢光线，如果他习惯侧向某一边睡，可以在另一侧用光吸引他。
2、保护好宝宝的头部，注意家中家具，避免尖锐硬角弄伤宝宝的头部。如果宝宝不慎擦破了头皮，应立即用酒精棉球消毒以防止感染。
3、在夏季外出，要给宝宝戴好遮阳帽，防止热透过囟门引起中暑;在冬天外出应戴较厚的帽子，在保护囟门的同时又减少了热量的散失。