营养成分不同
因此，早产儿配方奶粉不仅保留了母乳的许多优点，使蛋白质、糖、脂肪等营养素易于消化和吸收，和其他配方奶粉相比，还适当地提高了热量，强化了多种维生素和矿物质，以补充母乳对早产儿营养需要的不足。但早产儿配方奶粉缺乏母乳中的许多生长因子、酶和IgA等。
为了使早产儿的体重达到理想标准故早产儿配方奶粉的营养和能量相较于普通的配方奶粉会高些。早产儿奶粉中还含有脂肪酸，尤其是DHA(二十二碳六烯酸)和ARA(花生四烯酸)，这些成分有助于早产儿的发育。
适用人群不同
早产儿奶粉是一种对特殊人群、特殊时期适用的奶粉(仅食用20—30天)。
普通婴幼儿配方奶粉一般来说适用于所有足月新生儿。
使用年龄不同
一般早产儿配方奶粉的适用年龄写0~12个月，但实际上并非需要持续喂养到1岁。对于需要进行追赶性生长的早产儿来说，当他们追上同龄足月儿的生长发育水准之后，即可转换成普通婴幼儿配方奶粉1段。由于个体差异的不同，具体需要咨询医生。
普通婴幼儿奶粉一般分为三段，一段0-6个月(婴儿配方)，二段6-12个月(较大婴儿)，三段12-36个月(幼儿)。
市场范围不同
早产儿奶粉作为特殊营养食品需求量很低，不能像普通婴儿奶粉一样进入各级市场，而且这种产品配方特殊，原料质量要求高，卫生指标要求严格，加工难度大，而且售价又不能太高，生产前还必须进行严格的标准和配方审查，产品出来后还要进行临床喂养试验，而且耗资需要70—100万元人民币。市场范围比普通奶粉小。