1.与精神发育迟缓相鉴别
精神发育迟缓是以智力低下和适应能力缺陷为主要特征。一般是和善、可亲的，没有孤独等严重的社会交往障碍。重度精神发育障碍患儿常伴有外貌呆滞等特征，依此可与孤独症区别;部分儿童精神发育迟滞儿童可以表现有孤独症样症状，多数孤独症儿童亦表现精神发育迟滞。可以根据孤独症儿童的社交障碍、行为特征以及部分特别认知能力加以鉴别。
2.与儿童精神分裂症相鉴别
该病患儿一般发育正常，智力正常，具有情感、思维障碍或幻觉妄想等精神分裂症的征候，孤独症儿童不存在妄想和幻觉，鉴别不难。
3.与儿童注意力障碍多动综合征相鉴别
该病患儿主要以多动、注意力障碍为主要表现，智力正常或基本正常，无人际交往困难。
4.与阿斯伯格综合征相鉴别
阿斯伯格综合征是广泛性发育障碍的一种类型，患儿有社会交流障碍和重复刻板行为，但是在语言和认知能力方面发育正常，而且多数患儿可能在认知的某些方面表现为超常，尤其是对文字、地图、统计表等记忆方面;动作笨拙是该病的一个特征，在学校难于和同学建立友谊关系，通常仅仅在学龄期才被发现。较容易与高功能孤独症混淆，鉴别要点是高功能孤独症儿童存在语言发育迟缓，而阿斯伯格综合征患儿没有明显的语言发育落后现象。
5.与儿童瓦解性精神障碍相鉴别
又称婴儿痴呆或Heller综合征，患儿在至少两岁以前发育正常。之后出现明显而迅速的语言、社交、游戏和适应能力倒退，大小便失禁等，早期发病者与孤独症的鉴别相当困难。
6.与Rett综合征相鉴别
Rett综合症仅见于女孩，患儿在早期发育正常，在大约6-24个月左右起病，病情发展通常经历四个阶段，早期起病停滞阶段(6-18月)、快速倒退阶段(1-4岁)、假性停滞阶段(学前-学龄早期)和晚期运动衰退阶段(5-15岁)。在第一和第二阶段出现孤独症样表现，包括语言功能的丧失、特征性的手部刻板"洗手"动作、智力显著倒退和过度通气。但是该病患儿在第三四阶段表现有较为明显的神经系统症状和体征，例如肌张力减低、躯干共济失调和失用、脊柱侧突和后突，重症患儿出现强直状态，多数病例伴有癫痫发作。据此可与孤独症鉴别。
7.广泛性发育障碍
PDD-NOS可用于诊断那些轻型或不典型孤独症。
8.其他需要与孤独症鉴别的疾病
还有注意缺陷多动障碍、严重学习障碍、选择性缄默症、感受性语言发育障碍等。
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